Lembaga pendidikan formal di bawah naungan Departemen Agama yang sejajar posisinya dengan SMU disebut sebagai madrasah aliyah. MAN 1 Bojonegoro adalah salah satu dari tiga madrasah aliyah yang berada di wilayah kerja Kabupaten Bojonegoro. Madrasah ini berlokasi di Jl. Monginsidi 160, yakni termasuk wilayah desa Sukorejo. Lokasi madrasah ini bersebelahan dengan MAN 2 Bojonegoro yang memiliki ciri khas seperti SMK.
MAN 1 Bojonegoro sudah ditunjuk sebagai sebuah madrasah model, yang diharapkan menjadi sebuah acuan dalam pengembangan lembaga pendidikan umum dengan nilai-nilai plus untuk penambahan program-program pendidikan agama Islam yang lebih banyak dibanding sistem pendidikan menengah yang berada di lingkungan Departemen Pendidikan Nasional. Status model bagi madrasah ini sempat menjadi buah bibir di kalangan para pendidik di lingkungan Karesidenan Bojonegoro. Sebagian besar masyarakat pun berkeinginan untuk bisa melihat suatu paradigma pendidikan yang benar-benar patut dicontoh dari madrasah ini.